El 17 de mayo de 2006 participó en la final de la Liga de Campeones celebrada en el Stade de France de París que enfrentó al FC Barcelona y al Arsenal FC. Andrés Iniesta tuvo un papel destacado, al igual que los otros reservas: Henrik Larsson y Juliano Belletti; éste último acabaría marcando el gol de la victoria. Iniesta, entró al campo cuando su equipo perdía 1-0, pero el FC. Barcelona remontó ese resultado adverso con la participación activa de los tres cambios en las jugadas de gol, finalizando el partido con un 2-1 a favor del FC Barcelona que consiguió por segunda vez en su historia dicho torneo.
El 6 de mayo de 2009 Iniesta marcó uno de los goles más importantes de su carrera hasta ese momento, el que clasificó al Barcelona para la final de la Liga de Campeones. Sucedió en el estadio Stamford Bridge de Londres contra el Chelsea FC, que iba ganando por 1 a 0. El gol de Iniesta, en el min. 93, supuso el empate del partido y decantó la eliminatoria a favor del Barça por gol de visitante.8 El 27 de mayo Iniesta fue titular en la final de la Champions League, asistiendo a Samuel Eto'o en el primer gol en la que fue su segunda Champions League.
UEFA Champions League F. C. Barcelona París, Francia 2006
UEFA Champions League F. C. Barcelona Roma, Italia 2009
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